Kajian Marka Genetik Gen RDP1 pada Burung Gosong Filipina (Megapodius cumingii) asal Pulau Kabetan Kabupaten Tolitoli Sulawesi Tengah

Abstract

Burung gosong Filipina (Megapodius cumingii) merupakan anggota dari famili megapodiidae yang saat ini dikelompokkan dalam status least concern. Jumlah populasi yang terbatas dan ancaman kepunahan membuat burung ini perlu mendapatkan perhatian khusus. Untuk mendukung tindakan konservasi, diperlukan informasi genetik satwa di habitat alami. Tujuan penelitian ini adalah untuk medeskripsikan karakter genetik burung gosong Filipina berdasarkan gen RDP1. Sampel darah diperoleh dari Pulau Kabetan, isolasi DNA genom menggunakan protokol Qiamp DNA Blood Mini Kit, amplifikasi menggunakan protokol Takara Ex Taq dan sekuensing mengikuti protokol BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit instrument AB1 PRISM 3100 Avant Genetic Analyzers. Alignment menggunakan clustal W  yang ada pada MEGA 10. Hasil penelitian menunjukkan kondisi optimal amplifikasi terjadi pada suhu pre-denaturasi 950 C selama 5 menit, denaturasi di suhu 940C selama 35 detik, annealing di suhu 520C, ekstensi di suhu 720C selama 30 detik dan final ekstensi di suhu 720 C selama 7 menit. Komposisi basa kaya pasangan G-C dengan frekuensi T(U) 25,5%, C 25,6 %, A 19,3%, dan G 29,7 %. Analisis mutasi genetik menunjukkan terjadi mutasi transversi pada basa ke 569.